如何做seqlogo图

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最近我们需要做个seqlogo图，之前给大家介绍过一个在线版的做seqlogo的工具，但不太满足我们的要求，于是我们又找了几个工具，最后发现ggseqlog最好用

library(ggseqlogo)
data(ggseqlogo_sample)

# Plot a single DNA sequence logo
p1 = ggseqlogo( seqs_dna[[1]] )
p1

image.png

我们的数据是已经把突变频率计算出来了，所以method要用custom，具体用法看下面的例子

mydata<-matrix(rexp(20),4)
rownames(mydata)<-c("A","G","C","T")
colnames(mydata)<-c("a","b","c","d","e")
ggseqlogo(mydata,method="custom")

最后结果如下所示：

image.png

如果想设置横坐标的12345换成特定的列名，则

ggseqlogo(mydata,method="custom")+scale_x_discrete(limits=colnames(mydata))

image.png