conda 安装tophat包时报错failed with in

在用conda安装包时，有时会报错。 例如此处的tophat包的安装：

image.png

仔细看报错信息，这里的原因是python版本发生了冲突。对于我这个包来说需要python2.7，但我这个环境创建的是python3.0.这种情况怎么办呢？

其实很简单，先退出当前环境，再重新创建一个python2.7的环境,进入2.7的环境进行此包的下载和运行即可 （我取名为rna2.7，你可以根据你的习惯进行取名字）。

conda deactivate
conda create -y -n rna2.7 python=2.7
conda activate rna2.7
conda install -c bioconda tophat

安装结果：

image.png

这个时候就安装成功了，但tophat的运行需要依赖bowtie2，所以我们还需要下载bowtie2

conda install -c bioconda bowtie2
bowtie2 -version

结果如下：

image.png

再次尝试运行tophat，成功！

在运行结束后，可以直接返回之前python3.0版本的环境继续运行代码即可。