Amber轨迹生成PDB文件

将prmtop和dcd轨迹导入vmd中，随后用vmd生成每一帧的PDB文件

pbc wrap -centersel "protein" -center com -compound residue -all

set ref [atomselect top backbone frame 0]

set sel [atomselect 0 backbone]

set prot [atomselect 0 protein]

set n [molinfo 0 get numframes]

for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } {

    $sel frame $i

    $prot frame $i

    $prot move [measure fit $sel $ref]

    $prot writepdb ./$i.pdb

}

quit

此tcl脚本可用于将每一帧的构象与初始时刻的构象align，并生成每一帧的PDB文件。如果不进行align，则为斜体部分。