WGS的实战笔记（一）

前言：开始WGS的分析的学习，记录下学习的过程了，说实话，在这之前我是跑过WGS的流程的，但是每步感觉跑的都不是很稳当，踏实。导致自己在后期的学习还是会出现各种漏洞。所以在学习的过程中及时的markdown很重要！

话不多说，开始学习，首先我是拿到了两个WGS的数据，分别是 测序的结果一
测序的结果二

PS:因为在之前的分析过程中（一）公共数据库和公司测的数据库它们都是双端测序。（二）但是不同的是他们的数据大小不一样，如L001-R1,L001-R2都是一端测的结果，但是结果太大了分成了两个文件。但是我这个公司给我的结果不是这样的。目测估计测序的深度没有那么深。

数据来自公共数据库
1：拿到了数据之后，第一步是可以看看测序的质量。
Fastqc是一个非常好用的软件，看一直接看测序的质量结果，一般fastqc可以在进行质控前后都看看。我这里为了偷懒直接用了Fastqc看了质控后的结果。
2：拿到原始的数据之后，可以直接用质控软件进行过滤，我这里用的是trimmomatic(怎么下和安装，我这里就不贴了，可以直接去百度呀)

java -jar /asnas/sunyl_group/liull/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar PE -phred33 /asnas/sunyl_group/liull/TNBC_test/Rawdata/BCA0106-2/BCA0106-2_R1.fq.gz  /asnas/sunyl_group/liull/TNBC_test/Rawdata/BCA0106-2/BCA0106-2_R2.fq.gz  output_BCA0106-2_R1_paired.fq.gz output_BCA0106-2_R1_unpaired.fq.gz output_BCA0106-2_Rnas2_paired.fq.gz output_BCA0106-2_R2_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/asnas/sunyl_group/liull/software/Trimmomatic-0.36/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:36

这里贴上代码注解，
（1）PE是双端测序（pair end）
（2）-phred 33 是碱基的质量字符和质量得分的一种表达形式。这两年公司测序一般用的是phred 33
（3）接下来是我测序的数据路径
（4）paired和unpaired的结果
（5）adapter的信息，这个在trimmomatic的adapter文件里有，自己可以手动加载一下
（6）后面的参数，切除adapter序列。参数后面分别接adapter序列的fasta文件：允许的最大mismatch数：palindrome模式下匹配碱基数阈值：simple模式下的匹配碱基数阈值。（一般都是参考网上的大神代码，我这里有微调。）

在trimmomatic结束之后，可以看看结果，显示91.74%剩下来

trimmomantic的结果
接下来可以用fastqc看看质控完之后的结果是怎么样
（布吉岛为什么网抽了。。。。。。上传不了图片）
这里贴一个参考的网站 https://www.jianshu.com/p/a1eb03d63083 这个写的挺好的_{给作者点赞}