【生信基础】数据质控软件fastp
2020-11-22 本文已影响0人
XuningFan
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fastp 在2018 发表于bioinformatics 具体文章地址如下：
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/17/i884/5093234
fastp是一款非常棒的数据质控的软件，可以过滤低质量的reads，去除adapter ，数据截取，生成质控报告等等，由于其是C语言撰写的，速度非常快。具体Github路径如下：
https://github.com/OpenGene/fastp
fastp软件参数说明如下：
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SE使用实例：
fastp -i BB127_P_1.fq.gz -o BB127_Lib1_Lane1_R1.fastq -A GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC -h BB127_filter.html
PE使用实例：
fastp -i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 30 -n 10 -h stat.html
质控报告产出如下：
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