bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

准备条件
1 知晓snp位置，位于第 x 条染色体上 12345678 bp
2 生成 .txt 文件，文件格式如下

txt 文件格式

第一列表示 snp 染色体位置
第二列表示 snp 前 500 bp 位置
第三列表示 snp 后 500 bp 位置
要使用 tab 制表符分开
将文件命名（这里命名为sigpointforsequence.txt）
执行下面命令

bedtools getfasta -fi $GENOME（基因组绝对路径） -bed sigpointforsequence.txt -fo sig_sequence

得到 sig_sequence 文件如下