生信星球培训第三十一期

Day3 刘强

2019-12-03  本文已影响0人  刘强_9e14

Linux之软件安装

Miniconda

软件下载器,类似于APP store,90%软件可直搜直用。


Linux 软件管理.png

如何下载Miniconda

如何安装Miniconda

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

正式使用conda

默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
如果要指定版本号,可以 conda install fastqc=0.11.7 -

Conda环境

生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。(Ref: 生信星球)

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