Day3 刘强
2019-12-03 本文已影响0人
刘强_9e14
Linux之软件安装
Miniconda
软件下载器,类似于APP store,90%软件可直搜直用。
Linux 软件管理.png
如何下载Miniconda
- Key words:miniconda 清华
- 进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本。根据自己服务器是多少位,输入命令
uname -a
- 安装python3.6对应的版本 (右键-复制下载链接)
- 进入biosoft目录
cd ~/biosoft
- 下载Miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
或者(cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到你的biosoft目录】)
如何安装Miniconda
- 开始安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- Enter跳过确认版权信息直到 输入Yes 确认
-激活conda
source ~/.bashrc
- 添加镜像
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
正式使用conda
- 查看当前所有软件列表
conda list
- 搜索软件 (这里以数据质控软件fastqc为例)
conda search fastqc
- 安装软件 (加上-y是自动安装)
conda install fastqc -y
默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -
- 卸载软件
conda remove fastqc -y
Conda环境
生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。(Ref: 生信星球)
- 先查看当前conda环境
conda info --envs
(前面带*的是默认环境) - 以转录组数据处理为例,
1,首先要建立一个名叫rnaseq的conda环境,
2,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成),
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3, 创建完之后,再次查看一下我们的conda环境,
conda info --envs
看是不是多了一个rna-seq。但是发现,默认还是base
4, 激活新的conda环境
conda activate rna-seq
这时默认的就会转移到rna-seq前面*
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq)