RunPCA时遇到error in irlba(A = t(x

2021-04-30  本文已影响0人  Seurat_Satija
> pbmc <- RunPCA(pbmc, features = VariableFeatures(object = pbmc))

Error in irlba(A = t(x = object), nv = npcs, ...) : max(nu, nv) must be strictly less than min(nrow(A), ncol(A))        

简单来说就是你的细胞数小于50。
npcs的选择是默认为50。PC当然要小于矩阵的行数或列数中的最小值。所以只需修改默认值即可。

解决方案:

pbmc <- RunPCA(pbmc, npcs = 33(填“细胞数-1”),features = VariableFeatures(object = pbmc))

作者:木舟笔记
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