本周最新文献速递2021-02-28
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一
文献题目： Genetic architectures of proximal and distal colorectal cancer are partly distinct
不想看英文题目： 近端和远端结直肠癌遗传结构不同
杂志和影响因子： Gut（19.819 1区）
研究意义： 结肠直肠癌（CRC）在不同部位存在病因异质性，探究其异质性背后潜在的致癌机理对于精准治疗的提高至关重要。目前尚未有研究调查不同部位CRC的遗传危险因素。
样本： 48214 CRC病例样本，64159例欧洲血统的对照样本。不同的CRC包括：近端结肠癌（n = 15706），远端结肠癌（n = 14376），直肠癌（n = 16212），结肠癌（去除直肠癌，n = 32002），远端/左侧CRC（远端结肠癌和直肠癌合并,n = 30588）。
结论：
1）发现13个新的基因座与CRC相关(p<5×10−8) ；
2）超过一半（61/109）的风险位点在不同的CRC类型中无异质性；
3）结合eQTL共定位分析、基因优先排序等方法，对13个基因座进行注释，结果显示CRC候选靶基因可能为PTGER3、LCT、MLH1、CDX1、KLF14、PYGL、RIN3、BCL11B和BMP7；
4）对96个已知的遗传风险位点和13个新鉴定的遗传风险位点进行回归分析，发现近端结肠、远端结肠和直肠癌之间存在明显的异质性；
5）富集分析结果显示CRC与转化生长因子β(TGFβ)信号转导有关；
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文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33632709/
doi: 10.1136/gutjnl-2020-321534
公开的资料：
dbGaP: phs001415.v1.p1, phs001315.v1.p1, phs001078.v1.p1, phs001903.v1.p1
GEO: GSE77737, GSE36401
二
文献题目： Single-cell RNA sequencing reveals functional heterogeneity of glioma-associated brain macrophages
不想看英文题目： 单细胞RNA测序揭示了胶质瘤相关脑巨噬细胞的功能异质性
杂志和影响因子： Nat Commun（12.121 1区）
研究意义： 小胶质细胞（MG）是中枢神经系统（CNS）常驻髓样细胞，可控制体内稳态并保护CNS免受损害和感染。小胶质细胞和外周髓样细胞可在人体内积累到一定程度可促进胶质母细胞瘤侵袭。该疾病在男性更常见。研究显示胶质瘤存在多种髓样亚群，但其细胞异质性和功能表型迄今未完全清楚。
样本描述：
case: 小鼠原位GL261神经胶质瘤大脑;
control: 小鼠幼稚大脑;
结论：
1）单细胞RNA-seq表明case和control的CD11b+细胞具有不同的髓样细胞表达谱；
2）胶质瘤相关的小胶质细胞和单核细胞/巨噬细胞基因表达谱不同。其中，Tmem119和Gal-3可将小胶质细胞和单核细胞/巨噬细胞有效区分开；
3）胶质瘤相关的小胶质细胞激活的转录网络在浸润性单核细胞/巨噬细胞中表达更明显，该转录网络包括的基因：Ifitm3、一组编码MHCII蛋白的基因（H2-Aa, H2-Ab1, H2-D1, 和 H2-K1）；
4）小胶质细胞中，MHCII基因表达存在性别差异，男性的表达更高，该结果揭示性别差异表达基因可能与胶质瘤患者的发病率和结局有关；
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33608526/
doi: 10.1038/s41467-021-21407-w
公开的资料：
GEO: GSE136001
代码：
github.com/jakubmie/2019_OchockaSegit
三 (数据库介绍)
文献题目： AtMAD: Arabidopsis thaliana multi-omics association database
不想看英文题目： AtMAD：拟南芥多组学数据库
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res（11.501 1区 ）
数据库网站： http://www.megabionet.org/atmad
一句话总结： 该数据库集合了拟南芥的基因组学、转录组学、甲基化组学和表型组数据。囊括的数据包括 11796 cis-eQTLs、 10119 trans-eQTLs、 68837 environment-eQTL位点、 149622 GWAS-eQTL关联位点、 265776 emQTL位点、 122344 pathway-mQTLs、 62754 个表型-基因关联结果和 3993379 个表型-甲基化关联结果。
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文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33219693/
doi: 10.1093/nar/gkaa1042
公开的资料：
http://1001genomes.org/data-center.html
http://neomorph.salk.edu/1001.php
http://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/
http://neomorph.salk.edu/1001.php
四 （用于单细胞分析的R包介绍）
文献题目： ArchR is a scalable software package for integrative single-cell chromatin accessibility analysis
不想看英文题目： ArchR：高效、全面的单细胞染色质可及性分析R包
杂志和影响因子： Nat Genet（27.603 1区 ）
ArchR工作流程：
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示例代码：
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) install.packages("devtools")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
devtools::install_github("GreenleafLab/ArchR", ref="master", repos = BiocManager::repositories())
library(ArchR)
ArchR::installExtraPackages()
结论：
1）支持高效、全面的单细胞染色质可及性分析；
2）有效检测scRNA-seq数据双峰；
3）更高的分辨率、以及高效降维；
4）识别更加准确的簇；
5）支持大规模的scATAC-seq数据分析；
6）提供交互式界面；
7）可整合scRNA-seq和scATAC-seq数据进行分析；
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33633365/
doi: 10.1038/s41588-021-00790-6
公开的资料：
GEO: GSE162690
代码：
https://github.com/GreenleafLab/ArchR
https://github.com/GreenleafLab/ArchR_2020
