GC depth: GC含量和测序深度

1 相关概念

• 测序深度（sequencing depth）
  =测得碱基数/reference碱基数，结果是n就是nX

• 覆盖度（coverage, breadth of coverage）
  =reference被测碱基数/reference碱基数，0-100%

• GC深度（GC depth）
  average depth=序列测得碱基数/序列碱基数
  GC content=序列GC数/序列碱基数
  GC depth应该指含量和深度，也许不是，没关系

GC depth分布图可以看出测序是否有明显的GC偏向。如果存在样品污染，通常能够从GC含量分析中呈现出来，出现独立的序列簇，类似Bin。

2 计算碱基depth

samtools depth file.bam > file_depth.txt

3 计算GC depth

samtools stats
地址：http://www.htslib.org/doc/samtools-stats.html

samtools stats file.bam > file.txt

metabat2所带程序

jgi_summarize_bam_contig_depths \
--outputDepth \
final.depth.txt \
final.sorted.bam

4 GC depth

GC content可以自己写脚本计算：python：计算fasta的GC含量
利用GC depth数据可对组装序列可视化（bin着色）

数据

ggplot geom_point

来自参考

第二参考给的图如上，如果其中有独立序列簇，应该可以认为是存在生物污染。在meta Bin分析中一个微生物一般是相对独立的簇。

更多阅读：
测序数据的深度、覆盖度等计算
GCdepth散点图绘制