这部分我们正式开始RNA-seq的流程，我们用生信技能树的例子进行操作。在这一部分中，我们主要关注如何从文献中得到数据。
原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov.sci-hub.tw/pubmed/27824034

读文献找到数据

我们翻到文献的最后，Data availability告诉了我们一个编号GSE81916，我们用这个编号在NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
）中，选择SRA搜索，找到数据。

读文献找到数据
NCBI中找到数据
在数据页面中选择SRA筛选器，这里我们下载7个数据，再选择下载accession list。这里我们需要了解数据的生物学背景，包括来源，以及对照组，实验组这些信息，方便我们后续处理。
image.png
下载accession list

下载数据

很多教程推荐使用aspera下载，但在我这似乎不能用，尝试了几次后我选择了用prefetch进行下载。首先用我们之前提到的Xftp软件把accession list传到云服务器上，接着用prefetch把数据下载到我们的数据盘。

prefetch -p --option-file SRR/SRR_Acc_List\ \(4\).txt #-p显示下载进程，当然也可以探索一下其他option

##prefetch SRR* 也可以直接根据SRR编号下载数据

update：知道怎么解决啦，需要对sra-tools的版本进行降级，然后就可以高速下载了

---

下面就慢慢等啦，可以晚上睡前开始下。