群体遗传学分析

bgzip 压缩文件,tabix 建索引

2023-03-20  本文已影响0人  风知秋

在对 vcf 文件压缩时,不可以用 gzip 来代替 bgzip;

压缩

bgzip  -f  view.vcf

解压缩

bgzip  -d    view.vcf.gz     

或者

gunzip view.vcf.gz

建索引(tbi格式结尾的索引文件)

tabix  -p  vcf  view.vcf.gz

##

获取位于11号染色体的SNP位点

tabix     view.vcf.gz      11

##

获取位于11号染色体上突变位置大于或者等于2343545的SNP位点

tabix     view.vcf.gz       11:2343545

##

获取位于11号染色体上突变位置介于2343540到2343596的SNP位点

tabix      view.vcf.gz       11:2343540-2343596

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