从Fasta中筛选出G4序列并保存为BED

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项目介绍

本项目包括几个用于基序匹配、序列分析、读取和处理 FASTA 文件以及在 FASTA 文件中匹配 G4 序列并将结果写入 BED 文件。

本项目使用 Java 编写，使用多线程处理，支持并行和串行两种方法。在最大程度上提高筛选速度。

使用方法

• 安装 Java 环境

  • Java下载地址
  • 建议使用 Java21 及以上版本。
  • OpenJDK21 也可以正常使用。

• 获取jar文件

  • 在Release中下载。

• 使用必要的参数运行 JAR 文件

java -jar G4-Fasta2Bed.jar <input_fasta_file> <cache_folder>  <output_Folder> [Parameters]

• 可选参数
  • 在不设置参数时，默认使用 -aP 方法执行。
  • -aP：使用并行方法进行处理。
  • -aS：使用串行方法进行处理。
  • -f：只生成正链的 G4 BED 文件。
  • -r：只生成负链的 G4 BED 文件。
  • -h：显示帮助信息。
• 示例

java -jar G4-Fasta2Bed.jar input.fasta cacheFolder outputFolder -aP

输出结果