使用STAR构建基因组比对索引--问题及解决方法

来吧，生信搞起！

首先拿到公司给的cleandata，使用STAR进行参考基因组比对，软件安装参考其他网站给的步骤；

下面是在建索引时遇到的问题，我是小白，啥都不懂，按照给的说明：

结果，一顿报错猛如虎。。。。小弟内心是崩溃的。

然后，大神一看，我靠，波浪线代表根目录，这玩意可不能随便用，尤其是我们用的是集群。于是去掉波浪线，重新做。就出现下面的错误了，内存不足！！

大神终于看不下去了，于是帮我修改了语句：附大神的脚本

/public/home/liuxiaofeng/biosoft/STAR-master/bin/Linux_x86_64_static/STAR 

--runThreadN 4 --runMode genomeGenerate 

--genomeDir ref.fa （我之前的语句没有对索引文件命名）

--genomeFastaFiles /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aethiopicum_genome_fasta 

--sjdbGTFfile /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aeth_gene.gff

据说，这语句也会爆出内存不足，于是乎：

/public/home/liuxiaofeng/biosoft/STAR-master/bin/Linux_x86_64_static/STAR 

--runThreadN 4 --runMode genomeGenerate 

--limitGenomeGenerateRAM 115005046144 

--genomeDir ref.fa 

--genomeFastaFiles /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aethiopicum_genome_fasta 

--sjdbGTFfile /vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/reference/S_aeth_gene.gff

大神说，可以了，让我先去试试看吧