fastp：数据质控 + 过滤

之前都是用 fastqc+trimmomatic进行数据质控和过滤，但是fastp更方便也更快，而且可以一次完成质控过滤和出图。

1. Fastp 软件安装

可以直接用conda安装

conda install fastp

2.使用参数

2.1 快速处理

单端测序single end(SE)

fastp -i in.fq -o out.fq

双端测序paired end(PE)

fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o our.R1.fq.gz -O  out.R2.fq.gz

参数设定：
-w 8 设置进程数8，默认2,max=16,或者是--thread 8
-z 5 设置gzip压缩级别，默认4,1~9 1快-9小
--json 设置输出json文件名
--html 设置输出html文件名

2.2 使用循环批量处理

注意：一定要修改默认的输出文件名，不然后面的输出会覆盖前面的默认文件名

#!/bin/bash
for i in 71 72 75 76 78 79;do
  {
  fastp -i ~/RNAseq/SRR190242${i}_1.fastq.gz -o SRR190242${i}_1.fastq.gz -I  ~/RNAseq/SRR190242${i}_2.fastq.gz -O SRR190242${i}_2.fastq.gz -w 8 --html ${i}.html --json ${i}.json
  } 
done