用Python读取FASTA格式的序列文件,并只将序列ID写入到
2022-10-09 本文已影响0人
懒猪曼达
代码实例输入文件(Fasta_text.txt)的格式假定如下:
>evm.model.Contig624.10
ATGAGTAAACCTAGAAAGAGACCGGATCTACGGCTGCCGTCTAACTCGGGAACTGAGCAACTCGGCTCATCAGCAGCTGGACT....
>evm.model.scaffold_297.17
ATGAGTAAACCTAGAAAGAGACCGGATCTGCGGCTGCCGTCCAACTCGGGAACTGAGCAACTCGGCTCATCAGCAGCTGGACT...
输出结果
读取文本文件
read()一次性读取整个文件内容,推荐使用read(size)方法,size越大,运行时间越长,读取到的数据是字符串
readline()每次读取一行内容,内存不够用时使用,一般不太用,读取返回的是一个字符串
readlines()一次性读取整个文件内容,并按行返回到list,方便我们遍历,读取返回的是一个列表