pymol：使用脚本对蛋白互作结合分析图（蛋白--蛋白对接）

在我们进行化学信息学相关的研究时，通过Autodock、schrodinger、Discover studio、MOE、ZDOCK等CADD软件进行蛋白蛋白互作时，通常需要对蛋白互作界面进行相关的分析，但由于有的软件并没有限定界面的操作。因此，我们想要对所对接得到的结果进行分析的时候，通常需要通过pymol自带的脚本来自动定义对接的界面。

本文通过对丙酮酸激酶M1(Pyruvate Kinase M1,PKM1)是作为研究对象，在PDB数据库网站（https://www.pdbus.org/）搜索4RPP。由于4RPP为四聚体的化合物，分为A、B、C和D链，可以以此来模拟蛋白互作，作为练习。且蛋白对接软件众多，就不一一详述。

本文主要是利用pymol官网上的interfaceresidues脚本进行自动选中界面。方法如下。

1. 下载interfaceresidues脚本，导入到你安装的pymol处。由于我的pymol在C盘的python27内，如果你找不到，可以试试放这里。

   
   1.png

2. 打开pymol，导入脚本。Pymol--file--run

2.png

3. 导入蛋白4RPP，并进行简单的美化图形

1. hide—everything

2. show—cartoon

3. display—background—white

3.png

4. 根据链选择不同的颜色

4.png

5. 使用脚本对4RPP蛋白进行A链和B链的界面分析，如不确定，则选择右下角的“S”，可以选择并观察是那一条链。

interfaceResidue 4rpp, chain A, chain B （chain前有空格）

5.png

6. 运行脚本后会出现图上的红点，即为选中的互作界面

7.png

7. 更改所选择的蛋白互作的表面的命名。

Set_name interface,interface ab

8.png

8. 设置为球棍模型。

Show-sticks

1647070336.png

结语：本文着重说明显示蛋白互作表面的脚本interfaceresidues，简化操作，避免不必要的时间的浪费。需要脚本请关注