8#genome#tomato#pan-genome

Gao L, Gonda I, Sun H, et al (2019) The tomato pan-genome uncovers new genes and a rare allele regulating fruit flavor. Nat Genet 51:1044–1051. https://doi.org/10.1038/s41588-019-0410-2

遗传多样性狭窄限制了改良潜力。利用725份具有系统发育和地理代表性的材料的基因组序列构建了番茄泛基因组，发现参考基因组中缺少4873个基因。存在-缺失变异分析表明，在番茄的驯化和改良过程中，基因和启动子大量缺失及经受强烈的负选择。丢失或负选择的基因会丰富重要性状，尤其是抗病性。在TomLoxC启动子中发现了一个罕见的等位基因，该启动子在驯化过程中被选中。数量性状位点定位和对转基因植株的分析揭示TomLoxC在类胡萝卜素生产中的作用，这有助于获得理想的番茄风味。在橙色期果实中，含有罕见和常见TomLoxC等位基因（杂合子）的材料的TomLoxC表达高于纯合子，并且在现代番茄中重新出现。番茄泛基因组增加了参考基因组的深度和完整性，有助于未来的生物发现和育种。

reveal a role for 揭示作用
resurgent 重新出现