生物信息学

调控网络的构建-Cytoscape & string

2019-08-19  本文已影响0人  wo_monic

常用的工具
某个基因的研究现状--pubmed文献自动分析工具EVEX数据库
cytoscape的插件
参考链接
string
string教程

Cytoscape的使用

Cytoscape官网
cytoscape中文教程-Y大宽
Cytoscape是一个基于Java的网络构建程序,在它的基础上有许多现成的可用的包,用于网络构建等等。官网包括软件下载,软件依赖检测,相关社区,相关包cytoscape的所有插件包,教程。
主要汉化讲述:差异基因的网络构建
从APPs—— APP manager …… 从中输入目标包STRING,install
同样安装其他的包
Agilent Literature Search,GeneMANIA,
WikiPathways
NDEx
GeneMANIA
也可以从上述地址下载jar文件,手动从APP manager里面安装。

image.png

默认的物种是人类,需要根据自己的实际物种修改。

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