R语言编程进阶生信图可视化大全R语言探索

「R绘图」R语言中让你图更好看的调色板

2019-08-12  本文已影响90人  xuzhougeng

有些时候,换个配色就能让你的图片上一档次。我准备在这篇文章中整理出一些好看的配色方案。

virids 调色盘

安装和加载

install.packages("viridis")
library(viridis)

官方教程的测试代码

library(ggplot2)
ggplot(data.frame(x = rnorm(10000), y = rnorm(10000)), aes(x = x, y = y)) +
  geom_hex() + coord_fixed() +
  scale_fill_viridis() + theme_bw()
蜂窝

个人感觉这包特别适合展示热图, 我们以pheatmap为例进行比较

test <-  matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# Draw heatmaps
pheatmap(test)
# viridis
pheatmap(test, color = viridis(7))
pheatmap默认输出 viridis调色板

viridis这个包一共有如下这几种配色,感觉还是很好看的。

配色

参考资料: https://cran.r-project.org/web/packages/viridis/vignettes/intro-to-viridis.html

未完待续....

上一篇下一篇

猜你喜欢

热点阅读