基础不牢地动山摇~ 趁着放假整理一些常看常忘的知识点

1.一些名词解释

正义链：DNA上携带有编码蛋白质氨基酸信息的核苷酸序列的链称为正义链；
反义链：mRNA转录时结合的那条链称之为模板链，即碱基互补配对的那条链。
非模板链 = 编码链（coding strand）= 正义链（sense strand）
模板链 = 非编码链（noncoding strand） = 反义链（nonsense strand）

对于一个参考基因组，一条链被指定为正链 forward，那么另一条就是负链 reverse。这种定义是十分硬核的，并没有什么生物学意义。

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2.普通转录组 测序原理

RNA包括：

Front Genet. 2015 Jan 26;6:2
（1）RNA样品检测
①Nanodrop检测：OD260/OD280(纯RNA的比值是2.0)、浓度、核酸吸收峰
②Agilent检测RNA完整性：RIN值、28S/18S、图谱基线有无上抬、5S峰
（2）文库构建
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①反转录合成cDNA：磁珠富集mRNA（具有polyA尾巴）→mRNA随机打断→以mRMA为模板合成第一条cDNA链和第二条cDNA链

• ②连接接头：打断是随机的，打断之后可能不平整，需要补齐，补齐后在3‘末端加上A尾；
  by生信技能树
  那么，Read1 sequncing primer , index, Read2 sequncing primer index是怎么连接上去的？
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  ③PCR富集
  （3）文库质控
  （4）上机测序

3. 单细胞转录组-测序原理

3’端

形成油包水液滴（Gel Beads、单个细胞、酶的混合物）

by蔚元生物

简单来说就是通过poly-dT与随机引物与mRNA 3‘端的poly(A)尾结合，反转录生成cDNA。合成的cDNA的3‘端通过ccc结合Barcode，与普通转录组基本一致。

5’端

by蔚元生物
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