使用Ensembl查找基因启动子序列

​Ensembl

http://www.ensembl.org/index.html

1.选择物种，搜索基因。

2.点击进入基因的summary页面。

3.点击左侧sequence，得到序列信息。

4.橘色背景红色字体序列为exon区域，第一个外显子前边的序列即为promoter序列，默认设置为600bp。        

5.若想获取更长的promoter序列，点击左侧“Configure this page”重新配置。

6.修改5' Flanking sequence (upstream)，例如修改为1000，保存并关闭，即可得到更新后1000bp的promoter序列。

7.在UCSC中核实（Ensembl和UCSC注释之间就TSS的识别可能存在差异）。复制启动子序列，在UCSC进行blat，点击第一条的browser进入基因组浏览界面，zoom out 3X，查看页面确保启动子序列符合UCSC注释（输入的序列在目标基因的第一个exon之前，序列区域内有CpG岛）。