要点一：认识哈希

1、概念

与数组类似，哈希储存多个标量。区别如下：

• 数组用@符号表示，访问数组时通过下标数字访问；
• 哈希用%符号表示。哈希通过名字（字符串）访问，联想电话簿 姓名--号码间的关系。专业术语称之为键值对。电话簿的姓名为“键”，对应的号码为键的值。

生物信息中尤其常用，比如将fasta序列的ID名与序列对应起来。注意哈希的键要保证唯一性。

2、构建哈希

• 定义一个空的哈希，也是清空哈希的一种方法

%phonenumber=();  #定义一个空的哈希，也是清空哈希的一种方法

• 法1

$phonenumber{("wang")}=123456789；

• 法2

%phonenumber=("li",12345,"zhao",789123,"chen",147852);   #法2

• 法3

%phonenumber= (
        "li"=>123456,
        "zhao"=>789123,
        "chen"=>147852,
        );

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• 实际构建哈希的小例子
  如下图有一个文本文件，每行为省份与对应的省会，用空格分隔。这里我们将用省份作为键、省会作为值构建哈希。

  
  省份与省会

#!/usr/bin/perl  -w
use Data::Dumper;   #加载模块，最后查看哈希数据结构用
%hash=();  #定义一个空的哈希


open IN,"<$ARGV[0]";
while (<IN>) {
    chomp;
    @line=split /\s+/,$_;  
#以空格符分隔每行数据，储存到数组中； +为1到多个，避免有未观察到的多个空格符；
# 在本例中是将每行分隔为省份，省会两个元素储存到@line数组里。
    $hash{$line[0]}=$line[1];  #变量符为$
}
close IN;

print Dumper (\%hash);    #打印哈希，观察是否构建成功

%hash

3、哈希操作函数

• 取键或者值列表

@key=keys %hash;   #返回哈希键列表，常用于遍历哈希
@value=values %hash;   #返回哈希值列表
print "@key\n@value\n";  #无序性

@temp=sort keys %harsh
foreach (@temp)
    print "$_\n";
    print "$hash{$_}\n"
}

• 检测存在与否：存在为真，不存在为假

if (exists $hash{Jilin}) {    
    print "hash{Jilin}\n"
}

• 删除键值对

delete $hash{Jilin};

要点二：哈希实战小例子

目的：现有一个基因名文件，想从某一个序列数据库中提取所有基因名文件所包含的序列。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
#添加帮助信息
if (scalar @ARGV==0) {      #如果输入参数个数为0
    die "Usage: This program is used to get seqence by a list
        perl $0 <name list> <fasta sequence>\n";  #$0表示脚本文件名
}

my %hash=();
open IN,"$ARGV[0]";
while (<IN>) {
    chomp;
    my @line=split /\s+/,$_;
    $hash{$line[0]}=1;   
#注意这里我们只利用哈希的键（基因名），值这里就随便取为1
}
close IN;
# 读入fasta文件，若基因名文件与序列ID相同，则读取；否则跳过
open FA,"<$ARGV[1]";
$/=">";<FA>;   #用大于号做分隔符，分割成两段，大于号之前的空/大于号，赋值给一个空变量。
while (<FA>) {
    chomp;
    my $temp=(split /\n/,$_,2)[0];  #根据换行符将$_字符串分成ID与序列两个部分，数字2设置分隔的标量数
    my $id=(split /\s+/,$_)[0];
    if (exists $hash{$id}) {     #判断ID是否存在于哈希中
        print ">$_";
    } else {
        next;
    }
}
close FA;

perl 1.pl A.list A.faa 
perl 1.pl A.list A.faa | le
perl 1.pl A.list A.faa >A.unique