R语言画DEG热图

library(pheatmap) # 加载pheatmap这个R包

# 1，读取热图数据文件
df = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap/data.heatmap.txt", #文件名称 注意文件路径，格式
                header = T, # 是否有标题
                sep = "\t", # 分隔符是Tab键
                row.names = 1, # 指定第一列是行名
                fill=T) # 是否自动填充，一般选择是
# （可选）读取分组数据文件
# dfSample = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap/sample.class.txt",header = T,row.names = 1,fill = T,sep = "\t")
# dfGene = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap/gene.class.txt",header = T,row.names = 1,fill = T,sep = "\t")

# 2，绘图
pheatmap(df, 
         # annotation_row=dfGene, # （可选）指定行分组文件
         # annotation_col=dfSample, # （可选）指定列分组文件
         show_colnames = TRUE, # 是否显示列名
         show_rownames=TRUE,  # 是否显示行名
         fontsize=2, # 字体大小
         color = colorRampPalette(c('#0000ff','#ffffff','#ff0000'))(50), # 指定热图的颜色
         annotation_legend=TRUE, # 是否显示图例
         border_color=NA,  # 边框颜色 NA表示没有
         scale="row",  # 指定归一化的方式。"row"按行归一化，"column"按列归一化，"none"不处理
         cluster_rows = TRUE, # 是否对行聚类
         cluster_cols = TRUE # 是否对列聚类
)