gcta 计算 fst 实践
2020-04-26 本文已影响0人
小鲨鱼2020
1、测试数据下载
链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g
提取码：5wfe
数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；
一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。
2、提取两个品种数据
grep -E "DOR|SUN" test.ped > a && mv a test.ped
一共40 个样本，DOR 20，SUN 20。
3、准备 subpopu.txt 文件
awk '{print$1,$2,$1}' test.ped > subpopu.txt
4、将测试数据转化为二进制
plink --file test --make-bed --sheep --out test
5、gcta 计算 fst
gcta64 --bfile test --fst --autosome-num 26 --sub-popu subpopu.txt --out test
查看结果如下：
