宏基因组--微生物多样性
操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTU）是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为便于分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志。一般情况下，如果序列（tags）之间的相似性高于97% 就可以把它定义为一个 OTU。每个OTU对应于一种代表序列。
alpha多样性分析
alpha多样性一般指样本内物种的多样性程度，即不侧重于比较，而只是评估样本内的多样性程度
多样性指数统计（软件：mothur）
计算菌群丰富度（Community richness）的指数：
（1）Observed_species：直接观测到的OTU的个数。
（2）Chao：用于估计样本中物种总数，数值越大代表物种越多。
（3）ACE：用于估计样本中物种总数，数值越大代表物种越多，与Chao1的算法不同。
计算菌群多样性（Community diversity）的指数：
（1）Shannon：用来估算样本中微生物的多样性指数之一。Shannon值越大，说明群落多样性越高。
（2）Simpson：用来估算样本中微生物的多样性指数之一， Simpson指数值越大，说明群落多样性越低。
（3）InvSimpson：1-Simpson指数值，InvSimpson指数值越大，说明群落多样性越高。
（4）Coverage：指各样本文库的覆盖率，其数值越高，则样本中序列被测出的概率越高，而没有被测出的概率越低
beta多样性分析
其他统计分析
1.组间差异显著性分析：主要用于发现不同组间具有统计学差异的 Biomarker。更具设定的biomarker筛选标准（LDA score>4）找出符合条件的biomarker，以图标方式展现；常见分析方法有Lefse分析筛选biomarker；Metastats分析通过p、q值比较各分类水平下两两分组间的差异显著性
软件：LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size)、Metastats
2.多元统计分析：ANOVA（方差分析）、Wilcox秩和检验、三元相图
3.16S功能基因预测分析：KEGG功能预测、COG功能预测
4.相关性分析
5.进化树分析
6.环境因子分析
7.相似性分析(ANOSIM)
补充相关软件链接：
Trimomatic： http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
Flash： http://ccb.jhu.edu/software/FLASH/
FASTQC： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
uparse： http://www.drive5.com/usearch/manual/uparseotu_algo.html
RDP 数据库： http://rdp.cme.msu.edu/
mothur： www.mothur.org
R： http://www.r-project.org/
metastats： http://metastats.cbcb.umd.edu/detection.html
Fasttree: http://www.microbesonline.org/fasttree/
megan： http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan/
cytoscape： http://www.cytoscape.org/
