基因组学

BEAST时间演化

2019-07-21  本文已影响0人  271828182845904

版本:BEASTv1.10.4
1.启动beauti


图片.png

2.导入序列文件 fasta格式或nex格式


图片.png

3.设置信息


图片.png

这里导入的是国家信息

head ST95.country.final
1       France
2       Denmark
3       Australia
4       Australia
5       Australia
6       Norway
7       United States
8       United Kingdom
9       Japan
10      Australia

年份 缺失的年份为0,设置Uncertainty 1.0


图片.png
head ST95.all.info.time.final
1       1989
2       2010
3       2015
4       2001
5       2014
6       2015
7       2008
8       2005
9       2015
10      2015

碱基替换模型设置


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图片.png
图片.png 图片.png

4.生成xml

图片.png

5.运行Beast


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