基于LD检测自然选择

诶瑞巴蒂好久没更新了，今记录一下基于LD的正选择分析方法。
原理呢大概就是：

基于选择性扫描的模型，即在单倍型上出现一个从头适应的突变，迅速扫荡倾向于固定，减少了位点周围的多样性。如果选择强度足够强，连锁的效应大于重组或突变的效应，导致单倍型不能被打破（break up the haplotype)。因此，我们能观察到一个从该适应突变位点延伸的高纯合的单倍型。

可以从这么几个值来推测正选择的位点：

EHH iHS XP-EHH nSL XP-nSL

selscan这款软件可以完美的计算这几个数值。

https://github.com/szpiech/selscan

Basic Usage ：
To calculate EHH:
selscan --ehh <locusID> --hap <haplotypes> --map <mapfile> --out <outfile>
To calculate iHS:
selscan --ihs --hap <haplotypes> --map <mapfile> --out <outfile>
To calculate XP-EHH:
selscan --xpehh --hap <pop1 haplotypes> --ref <pop2 haplotypes> --map <mapfile> --out
<outfile>
To calculate nSL:
selscan --nsl --hap <haplotypes> --map <mapfile> --out <outfile>
To calculate XP-nSL:
selscan --xpnsl --hap <pop1 haplotypes> --ref <pop2 haplotypes> --out <outfile>

做法这篇文章写得很详细，可以作为参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw

（水一篇，过一阵整个大活）