一个鉴定潜在致癌生物标志物的网络平台：ImmLnc
基因表达程序的错误调控已被发现会引起多种人类疾病。转录因子、染色质调控因子和非编码RNA均可调控基因表达。癌症转录组分析已经识别出数千个与不同类型癌症相关的lncRNA。然而，关于它们在癌症中的作用的知识仍然有限。
Yongsheng Li等人开发了一种集成算法ImmLnc，用于识别免疫相关通路的lncRNA调控因子。他们综合绘制了33种癌症类型的免疫组中lncRNA调控图谱，显示了具有相似组织来源的癌症可能共享lncRNA免疫调控因子。此外，免疫相关的lncRNA可能在肿瘤中表达紊乱，并且与免疫细胞浸润显著相关。ImmLnc可以通过对肿瘤相关的lncRNA进行优先排序来进一步识别非小细胞肺癌的三种分子亚型(增殖型、中间型和免疫型)。总之，ImmLnc和结果数据对于理解lncRNA功能和促进免疫治疗靶点的识别是一个有价值的资源。
ImmLnc分三步识别lncRNA调控因子。首先收集同一肿瘤患者的全基因组基因和lncRNA表达谱。其次，计算每个患者的肿瘤纯度，并根据每个候选lncRNA的RS评分对基因进行排序。第三，基于差异基因集富集分析计算每个lncRNA在免疫途径的活性 。
不同癌症类型的免疫相关lncRNA的鉴定
通过ImmLnc，他们发现了涉及13个免疫通路的241个lncRNA，这些lncRNA大部分与细胞因子相关，并且在癌症中表达上调。另外，他们通过收集和使用ImmLnc分析ICGC和GEO的6个数据集，验证了该算法的有效性。除此之外，他们还发现与其他lncRNAs相比，免疫相关的lncRNA更有可能表现出表达干扰，尤其是免疫治疗适用的癌症类型(如肾癌和肺癌)。组织起源相似的癌症类型显著共享免疫相关的lncRNA，如低级别胶质瘤和多形性胶质母细胞瘤，结肠腺癌和直肠腺癌。这些分子事件可以作为早期检测的替代生物标志物。
免疫相关lncRNA的验证
通过评估肿瘤患者的免疫细胞浸润水平，他们发现与免疫细胞浸润相关的lncRNA与免疫相关，这些lncRNA在免疫细胞中也表现出高表达。比如在肺癌中，与CD8 T细胞浸润相关的lncRNA比例要高得多。这些结果提示lncRNA可能在免疫调节中发挥重要作用。此外，他们使用Fisher's精确检验来研究ImmLnc识别的lncRNA是否可能与免疫细胞浸润相关。结果发现,在大多数的癌症类型中，显著高比例的免疫lncRNAs与免疫细胞浸润有关。
在肿瘤中，免疫lncRNA与免疫细胞浸润相关
除此之外，ImmLnc还可对肿瘤相关lncRNA进行优先排序，通过免疫lncRNA分类癌症的分子亚型，免疫亚型。
为了帮助研究人员使用这种方法研究感兴趣的疾病，作者开发了一个全面的交互式ImmLnc网络资源（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/ImmLnc）。通过该平台，用户可以查询特定癌症背景下感兴趣的lncRNA或免疫相关通路。它还提供了lncRNAs的表达与癌症免疫细胞浸润之间的相关性，lncRNA在癌症中是否出现表达干扰。该平台还根据成对的lncRNA与患者间基因表达情况，提供了用于研究lncRNA通路相关性的R包。所有数据均可下载进行进一步分析。该平台的资源还将不断更新，为研究人员筛选感兴趣的免疫相关通路提供指导。
