单细胞测序价格究竟“贵”在哪里？

2018年以后，单细胞测序大火，许多高分文章“简简单单”的做了一个测序就可以“轻易”的发表在顶级期刊上。同时，许多测序公司也纷纷来实验室发小广告、办讲座、开学习班来吸引更多的课题组开展单细胞测序实验。但是当诸多小伙伴兴致勃勃地向公司咨询以后发现，10X单细胞转录组测序，一个样品要花掉5万人民币左右，不禁纷纷持观望态度。那么，我们本篇文章就讨论一下，单细胞测序究竟“贵”在了哪里？

10X单细胞制备平台10x Genomics Chromium Controller仪器一台约80万人民币；一套16反应的10X 3’v3转录组试剂约30万；测序所需费用与测序深度有关，如果一个样品捕获10000个细胞，按照每个细胞100K reads的饱和深度去测序，每个样品需要花费2万元测序费；从细胞到数据，每个样品约花费4万，这还没有包括样品前期处理的精力和成本、建库必须的试剂耗材和人工技术服务等等；单细胞测序的分析更是重头戏，如果是对R语言一窍不通的生物医学僧，要么花时间精力从头来学，要么又要花大价钱才能得到理想的分析结果。

说到这里，小伙伴是不是要吓退了，不要怕，在测序行业人士眼中，10X单细胞测序可是性价比相当高的哦，怎么回事呢，听老张慢慢将来。

从1977年第一代DNA测序技术Sanger法出现以来，测序技术发展至今四十多年时间，已取得了相当大的发展，测序时间大幅缩减、检测成本大幅下降，形成"超摩尔定律"之势。以基因组测序为例，从1990年启动的计划15年完成、预算高达30亿的人类基因组计划，到现在测一个人基因组，只需要两三天时间，费用为2000-3000元人民币，测序技术的发展是突飞猛进的。未来两三年内，个人基因组测序的费用有望进入千元时代。

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和普通测序比起来，单细胞测序虽然技术和成本门槛更高，但2013年，Fluidigm公司推出了世界上第一款单细胞RNA测序自动化准备系统（Single-cell automated prep system for RNA-seq）后，许多新的建库方法层出不穷，单细胞测序也变得简单，成本也降低了很多，已经走进普通科研工作者的视线。毕竟，对于关注细胞异质性和进化、发育等的科研工作者来说，一次实验可以获得成千上万个细胞的转录本信息用于分析，这性价比，怎一个“爽”字了得？

通过比较几种常用的单细胞测序方案[1][2]，我们可以看出，微流控技术出现之后，单细胞测序成本大大降低。使用微流控技术的Drop-seq、in-Drop等单细胞测序方案的建库成本只在2-5元人民币/细胞之间，比起需要花费30元人民币/细胞的Smart-seq2（若是使用商业化的Smart-seq V4，则需要700元人民币/细胞）简直值得一声“便宜”。而相比于其他建库方案，商业化最为成功的10X Genomics Chromium又是其中技术门槛较低、稳定性较高的一种方案[2]。对于有单细胞测序需求的老师同学来说，只需7元/细胞，就能获得质量高、稳定可重复的数据，是不是很心动呢？

图一 单细胞测序技术的成本比较

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图二 单细胞测序技术的比较

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当然，拿小鼠或患者的单个样本进行一次单细胞测序，聚聚类，找找marker就可以发高分文章的时代是一去不复返啦。即便借助单细胞测序的东风，要发一篇质量好的文章，也要好的实验设计，完整的故事和吸引人的结果才能获得editor的青睐。

单就单细胞测序的花费来说，一篇文章至少需要3-5只小鼠或3-5个病人的5万+细胞的聚类分析图谱，得出的分析结果才比较全面可靠。这样的话，一篇相关文章所需的单细胞测序预算大约在12万-20万左右。

1. Ziegenhain C, Vieth B, Parekh S, et al. Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods [J]. Molecular Cell, 2017, 65(4):631-643.e4.

2. Xi Chen, Sarah A. Teichmann, Kerstin B. Meyer. From Tissues to Cell Types and Back: Single-Cell Gene Expression Analysis of Tissue Architecture. [J] Annual Review of Biomedical Data Science, 2018 1:1, 29-51
单细胞测序好贵？细数测序究竟“贵”在哪里