Pubmed Summary 文献泛读至简辅助工具

写在前面

TBtools开放的功能很少在后期版本撤去。而作为少数被撤去的功能之一，Pubmed Summary 事实上是一个不错的动能。在抹去之后，不时有用户问起。趁着 TBtools 插件模式的释放（版本 v0.6731），将 Pubmed Summary转换成插件并释放。相信这个就可以满足各方需求。

Pubmed Summary功能开发原因

随着学术期刊的电子化，几乎每时每刻，都会有新的文献报道。很多时候，我们需要快速了解某个领域的大体研究进展，比如：

1. 毕业论文写前言
2. 课题组要求写综述
3. 纯粹感兴趣...

在这种时候，第一步是文献检索。第二步是文献泛读。
于是我们使用某个关键词到Pubmed进行搜索，那往往会得到数十甚至上百篇文献。比如我们以“Litchi AND Fruit”找找荔枝果实相关的报道。

一共324篇，一篇一篇的读，是不可能的，甚至一篇一篇下载，也是不可能的。文献，是海量的。我们的时间，是有限的。于是很多时候，上百篇文献，我们可能只需要泛读三十篇，精读十篇。

快速地定位到这三十篇或者十篇则成为一个问题。

使用 Pubmed Summary 插件

安装TBtools的Pubmed Summary插件
从 TBtools 使用交流QQ群的群共享中下载插件Pubmed Summary.jar，随后安装

点击 Open ，即可正常安装【注：注意，如果失败，考虑以管理员身份启动TBtools - 主要是插件目录的写入权限问题 】。

使用 Pubmed Summary
打开对应插件

随后（IOS逻辑，Input，Output，Start）：

1. 黏贴在Pubmed，认为合适的关键词检索式，
2. 设置输出文件【注：注意补全输出文件名】
3. 点击 Start

一旦完成

打开输出文件

备用

如果你的网络不稳定，或者临时中断，那么可能会遇到这个问题

在刚才的测试中，一共有三篇漏了，
那么没关系，直接保存这两三个ID，一般100篇以下不大可能遇到，26514808，

随后使用检索式“ 13901296 26514808 16345760 [uid] ”

查看结果文件

Pubmed Summary 插件的用处

很明显，这个插件可以在短时间批量下载 Pubmed上的检索结果，且可以确保最终获得完全一致的检索结果。对于检索得到的每一个文献，我们可以看到：

1. 文章发表的期刊，权威期刊的文章，可以重视
2. 文章发表的时间，是经典，还是前沿
3. 文章所在期刊的IF，影响因子，不用过多说明
4. 文章所在期刊的 5年IF，事实上，五年影响因子比当年IF更靠谱
5. 题目和摘要

实施上，阅读 上百篇 文献的题目和摘要，完全可以快速筛选掉无关的文献，随后定位到与自己研究方向最相关的文献。

写在后面

TBtools 的功能很多，目前对外开放的是其中的大半。Pubmed Summary 这个功能印象是两三年前的写的。
我用了一下，觉得还是不错，起码可以相对高效地浏览自己相关领域的进展。
最后，还是祝各位

科研顺利！