16s rRNA

物种数据转换

2020-09-24  本文已影响0人  肖ano

转换思想

接触到16s微生物测序数据的分析,微生物公司给的分析方法是先进行log1p转换,参考Borcard et., al 老爷子的说法,还是可采取的。



转化方法

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?decostand
转化方法

关联度测



Reference:
Borcard D, Gillet F, Legendre P. Numerical ecology with R[M]. Springer, 2018.
Jari Oksanen, F. Guillaume Blanchet, Michael Friendly, Roeland Kindt, Pierre Legendre, Dan McGlinn, Peter R. Minchin, R. B. O'Hara, Gavin L. Simpson, Peter Solymos, M. Henry H. Stevens, Eduard Szoecs and Helene Wagner (2019). vegan: Community Ecology Package. R package version 2.5-6. https://CRAN.R-project.org/package=vegan

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