RNAfold预测RNA的二级结构

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在mirdeep软件的分析结果中，会提供miRNA前体的二级结构，这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的，该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件，网址如下

http://rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

官网提供了在线服务，只需要上传fasta格式的序列即可，示意如下

默认参数会输出以下两种二级结构

1. optimal secondary structure

最佳二级结构，保证对应的自由能最小，最小自由能简称MFE, 结果示意如下

2. centroid secondary structure

自由能表征改变这个结构需要注入的能量大小，对应的数值越小，该结构越稳定。

同时给出了可视化结果，示意如下

这个程序也是可以下载到本地运行的，基本用法如下

RNAfold < hsa.hairpin.fa -noPS > precursors.str

-noPS参数代表不产生二级结构对应的postscript文件，这种文件可以转换为PDF格式，产生的str文件内容如下

>hsa-let-7a-1
UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA
(((((.(((..((((((((((((((((...(((.....))).((....))....))))))))))))))))..)))))))) (-35.60)

采用dot-bracket表示法标记二级结构，上述用法只给出了最佳的二级结构预测结果和对应的自由能。

·end·

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