RSEM

RSEM是对基因进行表达定量的一个软件，是基于STAR序列对比的基础之上进行的。而kallisto不需要进行比对可以直接定量。

安装

conda install rsem

安装RSEM时，solving enviorment一直不动，更新conda【conda upgrade --all】并且【conda config --set channel_priority flexible】设置channel

1. prepare-reference

rsem-prepare-reference \ #从参考基因组中提取原始准备文件

--gtf 00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf \ #注释信息

00ref/TAIR10_Chr.all.fasta \ #参考基因组文件

arab_RSEM/arab_rsem

2. calculate-expression

rsem-calculate-expression \

--paired-end \ #双向测序

--no-bam-output \ #不需要输出bam结果

--alignments -p 5 -q 03align_out/sample2_Aligned.toTranscriptome.out.bam \

arab_RSEM/arab_rsem \ #索引位置

04rsem_out/sample2_rsem #输出位置

结果

完成输出了结果文件，其中，rsem.genes.results和rsem.isoforms.results分别表示gene水平和转录本水平的定量结果。

rsem.genes.results rsem.isoforms.results

Kallisto

安装

conda install kallisto

1、构建索引

kallisto index -i arab_kallisto arab_RSEM/arab_rsem.transcripts.fa

2、进行定量

kallisto quant -i arab_kallisto -o 05kallisto_out/sample2 \

02clean_data/output_forward_paired.fq.gz 02clean_data/output_reverse_paired.fq.gz

quant-count模式

-i 索引 arab_kallisto 目录

-o 输出 05kallisto_out/sample2 目录

3、结果

运行程序输出三个结果，abundance.h5    abundance. tsv     run_ info. json其中abundance. tsv文件可读，显示表达定量的结果值。

abundance. tsv

参考：https://www.jianshu.com/p/3e96d0f8fe71

          https://www.jianshu.com/p/ad605d4fa6f6