附录 C
2017-05-12 本文已影响0人
peterpan_hai
实践练习:使用VV
elastix
这个练习由Simon Rit(Creatis)提供。
这些实践练习的目的是向您介绍图像配准的问题。 由于软件开发耗时,您不会开发自己的软件,而是使用现有的开源程序:
- elastix (http://elastix.isi.uu.nl/, [1]) 是基于Insight Segmentation和Registration Toolkit 的自动图像配准开源平台(www.itk.org)。这一发展由乌特勒支(The Netherlands)大学医学中心的图像科学研究所发起。它是由参数文件中定义的配置设置驱动的命令行。用户手册在这里可用:http://elastix.isi.uu.nl/download/elastix_manual_v4.5.pdf.
- vv (http://vv.creatis.insa-lyon.fr/), [2]) 是基于ITK和Visualization Toolkit,专为快速简便的可视化而设计的,开源和跨平台图像查看器(www.vtk.org)。发展由里昂(法国)的CREATIS实验室发起。 它也可以是命令行驱动的。 命令行选项可通过vv --help,F1快捷键访问。
要在Windows中运行命令窗口,请在Windows菜单中单击Executor,然后键入cmd。 在这个窗口中,你可以:
- 通过键入例如D:更改驱动器,去驱动器D.
- 通过键入例如cd tmp更改文件夹,以转到子文件夹tmp。
- 通过键入,例如mkdir toto创建一个目录来创建一个toto子文件夹。
在练习结束时,您应该能够进行刚性(手动和自动)以及非刚性配准,并可以使结果可视化。 您将用一个粗体字写一份报告来回答这些说明,尽可能包含截图所支持的简明评论。
手动刚性配准
- 下载图片ct.mha和cbct.mha:http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/tete.
- 使用命令
vv ct.mha cbct.mha
在vv中打开它们。 观察它们,在每个切片器上更改图像,并在帮助菜单(F1)中分析每个快捷键和鼠标选项的效果。 - 使用命令
vv --linkall ct.mha cbct.mha
在vv中打开它们,并观察差异。 - 使用命令
vv ct.mha --overlay cbct.mha
在vv中打开它们,并观察差异。 - 在菜单“工具”中,打开手动配准工具,结合使用sliders。 检查vv手动配准的行为是否与elastix手册2.6节中描述的一致。
- 手动配准两张图片
- 知道惯例是与YXZ的欧拉角度,说明如何从参数中计算得到的矩阵。(Knowing that the convention is Euler angles with YXZ, explain how the resulting matrix is computed from the parameters.)
- 软件对万向节锁(the gimbal lock)不够健壮。 解释达到万向节锁定参数并观察vv中的结果(Explain for which parameter(s) the gimbal lock is reached and observe the consequence in vv.)。
C.2 自动刚性配准
- 从其网站上的elastix数据库中下载elastix参数文件Par0005.MI.rigid.txt。
- 使用mkdir刚性创建一个刚性目录,并使用命令行运行elastix
elastix -f cbct.mha -m ct.mha -p Par0005.MI.rigid.txt -out rigid
通过在手动配准窗口中键入结果参数(在刚性/ TransformParameters.0.txt文件中),使用vv观察结果。 - 检测一个不是很好的对齐区域,并详细说明原因。
- 比较3种相似度测度,并绘制优化过程中的演变。
C.3 非刚性配准
- 下载预先配准的图像ct.mhd并检查是否only deformations are left
vv ct.mhd --overlay cbct.mha.
- 下载elastix参数文件Par0005.MI.1.txt。 后者已经被修改为考虑到参数的嵌入式刚性配准
(UseDirectionCosines "true")
- 使用mkdir目录创建目录并运行
elastix -f cbct.mha -m ct.mhd -p Par0005.MI.1.txt -out dir
- 使用mkdir dirres创建一个dirres目录并运行
transformix -in ct.mhd -out dirres -tp dir/TransformParameters.0.R1.txt -def all
- 使用两个命令讨论结果:
vv cbct.mha --vf dirres/deformationField.mhd
vv --linkall cbct.mha --overlay ct.mhd cbct.mha --overlay dirres/result.mhd