给热图矩形加个标注--在线绘制带任意文字、符号标注的热图

导读：在聚类热图中，除了颜色编码外，添加文本信息可以提供更精确的数据解释。例如直接在热图的方块内标注p值显著性，从而使得数据的显著性水平一目了然，有助于研究者更快速、准确地理解数据背后的含义。

《Cancer Cell》文章“CCL19-producing fibroblasts promote tertiary lymphoid structure formation enhancing anti-tumor IgG response in colorectal cancer liver metastasis”fig 2G的热图以一种比颜色更加精确的方式展示了scRNA-seq结果中，各种免疫细胞亚型（行）在不同组织（列）中的分布情况。添加的Ro/e 表示观测细胞数/期望细胞数（ratio of observed to expected cell number)。其中，+++表示>1，++表示(0.8,1]，+表示[0.2,0.8]，+/-表示(0,0.2)，-表示0。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_cluster_heatmap_with_labels_plot_249

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括两部分。

第1部分是热图数据：行是基因，列是样品，行列交叉处为数值。

第2部分是标注数据：行是基因，列是样品，行列交叉处为待标注的文字，可以是任意键盘可以打出来的英文字母或者符号，例如*，!，$等，不标注的地方以NA表示。

注：两部分数据的首行和首列必须完全一样，即：除了将表达数据的数值换成待标注的文字外，其他完全一样。

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。

注：输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图片大小

图片宽度，高度

热图小矩阵的宽度和高度，若将小矩形的高度和宽度设置为一样，则以正方形的形式展示，这在基因和样品数相差不大的情况下可能更加美观

字体大小

行名字字体大小：基因名的字体大小

列名字字体大小：样品名的字体大小

Colorbar字体大小：表示颜色的数值的字体大小

矩形上标注文字字体大小：标注的文字的字体大小

颜色

低颜色，中颜色和高颜色分别对应数值低、中、高。若低和中，或者中和高颜色一样，则仅使用两种颜色

矩形上标注文字颜色：标注的文字或者符号的颜色

颜色数：越大越平滑

矩形边颜色

热图中小矩形边框的颜色。若选择带颜色，则会弹出颜色选项

是否切割聚类树：设置了行切割和列切割。默认数值1为不切割

Scale：是否对数据进行z-score转换。两个样品时，请不要选择scale，否则出来就是两种颜色

聚类：分别设置了行聚类，行不聚类，以及列聚类和列不聚类选项

聚类方法和距离方法：设置了不同的聚类方法和距离方法。若聚类分不开，可以试试不同的方法组合

Colorbar颜色范围：colorbar上颜色的数值breaks。默认根据数据自动选择，若填有，则以指定数值显示颜色，例如-2,-1,0,1,2则颜色范围就从(-1.5,1.5)变成了(-2,2)

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约3s后，会在页面上显示带文字标注的热图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整文字位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。

带cut和边框颜色的标注热图

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