学习小组Day5 笔记-R语言语法（徐擎昱）

学R的时候没有做思维导图，只是列出目前已学的R语言语法，方便自己复制==，语法包括如下：

1. 建立Rstudy为工作路径
   setwd("F:/Rstudy")
2. 显示工作路径
   getwd()
3. 显示文件列表，如下两个命令均可。直接打命令不跟路径会显示默认路径的文件列表。

list.files()
dir()

4. 计算
   1+2，回车
5. 函数，例如求和
   sum(1,2,3,4,5)
6. ls和str

ls() #列出变量名
str(a) #打出变量a的具体信息
ls.str() #等于ls()和str()的组合

7. 赋值符号：<-
   如果一个变量，如X被连续赋值好几次，以最后一次赋值为准
8. 删除

a <-3
b <-2
c <-4
rm(a)
rm(b,c)#一次性删除多个，另种做法是rm(list = "b","c")

9. 列出历史记录
   history()#列出一堆
history()#只列出最近10条
10. 清空屏幕
    ctrl+1
11. 保存工作空间
    save.image
12. R语言重要的两个数据类型
    向量：由元素构成，元素可以是数字或者字符串，有序排列
    数据框：即表格
13. 几种赋值向量的方法

a <- c(1, 2, 3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
a <- (1: 10) #从1-10之间所有的整数
a <- seq(1, 10, by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
a <- rep(1: 3, times = 2) #1-3 重复2次

14. 从向量中提取元素
    *根据元素位置

a[4] #x第4个元素
a[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
a[2: 4]#第2到4个元素
a[-(2:4)]#除了……
a[c(1, 5)] #第1个和第5个元素

*根据值的大小

a[a == 10]#等于10的元素
a[a < 0]
a[a %in% c(1, 2, 5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

15. 读取本地数据框的数据
    (1)设置行名和列名

colnames(X)[1] <- "bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X <- read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

(2)数据框的导出

write.table(X,file = "qingyu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号

(3)变量的保存和重新加载

#保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令

(4)提取元素
X仅为某变量名，要懂得实际操作中自己替换

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列

(5)直接使用数据框中的变量
例：提取两列作散点图

c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))
> plot(c$case,c$values)

其他方法：
方法一 attach
-将数据框名添加到搜索环境中：attach（c）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。

attach(c)
plot(case,values)

-做完后将c删除出搜索环境 detach（c）
-局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。

方法二 with

with(c,{
+ plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，y也就是出了with循环仍有效。
})
x #运行完后打印x

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参考：生信星球第九期Day5生信入门班教程