方式1：SwissDock 

www.swissdock.ch/docking/view/swissdockd_X0ivbA_MD94LBUQL0XHMQPD2ZX9

根据提示上传大分子和小分子即可（有时网站不稳定，上传不了或者搜索不了都为正常情况）

1.      分析结果全部下载

2.      Open（用 chimerae打开即可）

方式2：autodock（该软件在python语言中运行）

准备工作：将文件

粘贴至新的文件夹中，双击adt.bat即可打开改路径下的文件。

1.    蛋白质的处理：（也可以用pymol处理）

①加H

②计算电荷

③蛋白质类型（atoms assign AD4）

Save文件为.pdbqt

2.     小分子处理：

①Ligant（注意更改识别文件）

②ligant-input-open（Mol2文件，该文件可直接从ZINC database中下载Mol2格式，也可以自己画图再用openbabel进行转换）

③Torsion Tree：detect-choose Torsions

Ligant-save

3.      Grid-macmolecule-open

Grid-set map type-open ligant

4.      设置对接范围 grid-grid box

根据文献确定活性位点，若没有参考资料则可将大分子都选中（切记不能框住小分子）

File-saving current

Grid-output（.gpf file）切记文件名加后缀.gpf

5.      Run autogrid（自动识别.gpf）

设置：输出文件在同一路径下的文件夹，后缀改名为.glg（该过程运行时会产生多个map文件，运行时间约10min）

Edit-delete（删除软件中显示的现有文件）

6.     分子对接

Docking- macmolecule-rigid（根据自己的需要选择）

Docking-ligant

运行算法：Docking-search parameters-genetic（默认，根据需求进行选择，其中local是最快的计算方式，但是需要重复多次进行运算，平均一次5min左右）；

Output（什么算法导出什么文件），加后缀.dpf

运行run autodock-accept（该步骤生成.dlg的文件）

7.      查看对接结果：

Analyze-docking-open（打开.dlg文件）

加protein：Analyze-macmolecule

分析：Analyze-conformations-play，rankand energy

Show information / build H-binds

导出：write complex（加后缀.pdbqt）

用openbabel将格式转换为.pdb文件。

8.       Pymol软件可视化

打开上述.pdb文件

显示氢键：[S]显示sequence，选中小分子和蛋白位点（上述预测的结果）

Show sticks

Action-find-excluding main chain（显示氢键）

显示距离：atoms（and joints）/工具栏中wizard可计算与显示距离

更改背景为白色：工具栏中background-white

显示残基：selection resides条件下操作-label

and joints条件下control+残基可改变标记位置

右键Ray1200更改分辨率

Export

最终显示如下：

图片参考来源: https://www.wecomput.com/wp-content/uploads/2015/10/Docking.png