2022-06-03 perl模块 | perl语言读入压缩文件

perl语言读入gzip压缩格式文件。目前我遇到的比较多的还是gzip压缩格式的，这里也是gzip压缩格式为例。

测试文件随便选，我这里Carya.fasta.misa.gz

调用linux命令行读入压缩文件

#/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

open IN,"zcat Carya.fasta.misa.gz |" || die $!; #不能带 "<";
print while(<IN>);
close IN;

• 这里的命令行是没有加入反引号``的
• 注意添加管道符"|"
• open 文件时好像不能加“<”符号

调用PerlIO::gzip^[1]模块读入压缩文件

#/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

use PerlIO::gzip; #需要安装；conda install -c bioconda perl-perlio-gzip
open IN,"<:gzip","Carya.fasta.misa.tar.gz" || die $!;
print while(<IN>);
close IN;

• 网上有说自带PerlIO::gzip 模块，但是我测试的时候还是需要安装的。
• "<:gzip"的写法类似对小骆驼P104中编码格式判断的写法。
• 该模块还有其它内容说明，但是我没看懂，也就没总结到这里。

参考

1. PerlIO::gzip https://metacpan.org/pod/PerlIO::gzip ↩