Cytoscape可视化共现网络

因为每一次用都要查层次不齐的博客 索性自己记录了。

1. 构建输入文件

1. node.tsv 文件

包含三列 文件用Tab分割
Node_name  degree  node_type

1. Node_name包含 sources 和 targets 节点名称。

2. degree 包含每个节点的度 （targets的度可以统一为1）
    用于根据节点度调整节点大小 也可以是其他数值。

3. node_type 用于标明节点属于source 或者 target节点
    用于颜色调整区分节点类型。

4. 如果类似于Gene 有别名的话 可以在最后加上一列
    通过label随时切换名字

2. edge.tsv 文件

包含三列 文件用Tab分割
Source Target Weight

1. Source 和 Target 分别包含 Source 和 Target节点名称 需要与 node.tsv文件对应。

2. weight文件包含边的权重 可以是共现次数
    用于调整边的颜色突出权重。

3. 如果有多种类别的边 多种relation 可以加一列注明relation 关系 用不同颜色可视化

2. 可视化网络

1. 导入edge.tsv 文件

1. Import Netword from file System
    注意调整 source 和 target 对于列 及 数据类型

2. 导入node.tsv 文件

1. Import Table from file
    注意调整 导入到哪个Table
    Import data as **Noda Table Columms**
    Key Column for Networks **Shared name**

3. 风格调整

1.Style --> Curved
2. Node Size, colur 选择表格对应列
3. Edge Color, Width 选择表格对应列

4. Trick

1. 通过限制 Source 节点度度， 共显的次数， 共显节点的数量来优化可视化效果。
2. 如果Target节点没有根据度设置节点大小需要 可以将Target的度设置为source节点最小度，这样就保证起码和最小的节点度一样大。