学习小组Day3笔记--森森

生信入门第三天学习的是Linux环境下的软件安装。主要包括：首先检查有没有bzip2，其次下载miniconda，随后安装、激活miniconda、添加镜像。完成所有准备工作后，开始使用miniconda查看已安装的软件、搜索、安装、卸载软件，定制conda的分身。

以下内容来自微信公众号生信星球

1. 检查服务器有没有bzip2

• bzip2 是一个压缩软件（或者说命令）
  首先输入bzip2，检查有没有这个软件。
  若没有，输入yum install -y bzip2 安装。显示complete 提示安装完毕

2. 下载miniconda

• miniconda官网下载linux下与自身服务器适应的版本，右键复制下载链接
  登陆服务器，进入biosoft目录,即 cd biosoft
  （输入时可以试试自动补全功能，键盘上的Q前面那个Tab键，你在root目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐）
• 用wget命令
  wget 鼠标右键点一下粘贴刚才复制的下载链接（linux下鼠标左键点一下是复制）(***************.sh)
• sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

3. 安装、激活miniconda、添加镜像

• 使用命令 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装
  一路enter,看到do you accept the liscense terms?
  输入 yes
  敲回车
  等安装完成后，看到 do you wish the installer to pretend ... 输入yes
  提示安装成功
• 激活miniconda
  使用命令 source ~/.bashrc 来激活conda
  随后，命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明失败，需要将miniconda这个目录文件夹删除，重新开始安装。切勿删除下载的程序
• 添加镜像
  把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车（复制、粘贴在linux下是点左键、点右键）
  使用清华镜像
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  conda config --set show_channel_urls yes

4. 使用miniconda

• conda list 查看当前所有软件列表
• conda search fastqc 搜索软件（以fastqc为例），
• conda install fastqc -y 安装软件，若需要指定版本，则conda install fastqc=0.11.7 -y。加上 -y指自动安装
• conda remove fastqc -y 卸载软件

5. conda分身

• 分身就是不同的“conda environment”
• conda info --envs 查看当前conda有哪些环境（前面带*的就是默认的）
  -假设，目前只有一个环境，以我们要处理转录组数据为例，需要建立新的环境。
• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（两个可以一步完成）
• conda info --envs 查看conda环境，发现多了一个rna-seq。但是默认还是base
• conda activate rna-seq 激活新的conda环境。此时，*就移动到 rna-seq 前面
  -另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq)
  
• fastqc 输入，下面会出现一大片信息，提示可用。
• conda remove -n rna-seq fastqc -y 卸载环境中的fastqc软件
• conda deactivate 退出当前环境
• conda remove -n rna-seq --all 卸载环境全部文件

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