Hic-Pro安装

HiC-Pro的作用是把测序文件输出为标准互作图谱，软件非常灵活，不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据，也可以处理capture Hi-C数据。

昨天安装Hic-Pro软件安装了一天，又是安装R，又是配置Python包，又试了是Conda，还是出问题，总是找不Python依赖：

Can not proceed without the required Python libraries, please install them and re-run

如下图：

晚上给课题组做生信的老师说了一下情况，老师一会就安好了，给我说了一下github上给示例的建立conda环境的作用，今天早上又试了一下，才解决。简单记录一下安装步骤及我遇见的问题总结。

一 、HiC-Pro软件安装

首先一个非常重要的问题，现在的Hic-Pro已经开始依赖python3了，网上很多的帖子还是python2，很快就不会再支持Python2了，一点要注意：我们看一下github上的描述吧：

Github地址：https://github.com/nservant/HiC-Pro

在自己的software目录下运行如下命令：

wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz

tar -zxvf HiC-Pro-3.1.0.tar.gz

conda env create -f /public/home/myname/software/HiC-Pro-3.1.0/environment.yml -p /public/home/myname/miniconda3/envs/ HiC-Pro

conda activate HiC-Pro

make configure

make

进入bin目录，运行./Hic-Pro -h

运行成功

二、报错总结：

我在用conda建立HiC-Pro运行的运行环境后，开始用make configure  还是会报错，找不到Python的依赖，这个时候注意config-install.txt文件里面内容。

如果用conda建立的依赖环境，这个文件不需要做任何修改，直接make congfigure就可以了。

如果是自己手动配置HiC-Pro运行环境，就去修改config-install.txt文件，指定依赖的位置。

我之所以一直报错，就是用conda安装了运行环境，还去修改了config-install.txt文件，结果不行。

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