生信星球培训第四十六期

生信小组DAY4--如晤

2020-03-24  本文已影响0人  如晤_ea28

今日学习主题:安装R和Rstudio和练习基本操作
安装教程果子学生信 给自己一个全新的R语言环境

认识R和Rstudio

R是一种编程语言可用于统计分析、绘图,而RStudio为使用它的提供了多功能的环境。


Rstudio界面png

1. 作图

plot 函数,是画图用的最多的函数,属于二维线画图函数。一般直接plot(x)可画出图(x为一个数据集)但是它还有许多可设置参数及参数设置方法,这次第一次用就先理解一个最简单的吧~

例如:输入命令plot(rnorm(50))

作出一个随机变量为50的散点图
1)rnorm()函数产生一系列的随机数,随机数个数,均值和标准差都可以设定。
例如:显示出50个服从正态分布的随机数
进一步理解rnorm(50,3,4) :产生50个均值是3,标准差为4的随机数

2)runif(n, min = , max = )服从均匀分布的随机数,r=生成随机数(随机偏差),unif=均匀分布。有其他三个函数,dunif,punif,qunif,名字不同但效果一样。


所以runif`、rnorm区别就是结果是前者正态分布,后者均匀分布
boxplot(箱线图)做科研时可以用的可视化方式。找到了一篇帖:

Boxplot | 用R画一个漂亮的boxplot

boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))

释义:iris是一个R语言自带的数据框,通常用作示例。iris$Sepal.Length表示iris数据框的Sepal.Length这一列数据。(不过y、x轴两类数据和iris对应的吗?这种图还没搞懂zzz)

2. 设置字体大小

第一步:打开工具栏 第二步:设置

3. R语言基本操作

用Rproject管理工作目录

R-project管理多个R工作目录
R语言学习笔记之R中的【路径设置】

工作目录:默认的读取和储存位置,R语言只能和一个文件夹进行互动,所以这个文件夹非常重要!
设置工作目录:setwd()可以使用函数dir.create()来创建新目录,然后使用setwd()将工作目录指向这个新目录
查看当前工作目录:getwd()
1.新建project
注:文件夹命名时,也就等于给project命名了,二者同名

例如:新建了这个R语言文件与其所在文件夹(查看的工作目录)同名
2.打开Rproject
3.查看

显示文件列表

dir()
*一个小技巧:“向上箭头↑键“可以重复上一步命令”

加减乘除

直接运算,回车,就得出结果

赋值

<-即小于号加上减号,也可以按Alt加上减号
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x, 赋值后,x会显示在右上角的框Environment里的Value列表里
直接输入x 回车,就会把x的值(3)打印到控制台上,前面的那个[1]是结果的第一个,不用管他

删除变量rm

括号是中文的!!

依次赋值a\b\c\u
rm(b):删除b
rm(u,c) :同时删除u、c
rm(list = ls()):清空所有变量

列出历史命令

history() 或者鼠标单击右上角的history标签
(双击某个命令,他就会跳到你的控制台大于号后面了,可以修改后运行~~)

清空控制台

快捷键ctrl+l


小结:
安装两个程序倒是捣鼓了很久,一个是只能下载C盘不知道为什么,反正开始其他盘网络错误失败了;然后安装完不知道快捷方式跑去哪里了(后来在最近添加里才看到)一直在操作安装包感觉有点傻。。。
今天下来对R界面有了基本概念,接下来继续深入学习应该就看得懂很多了,进一步学习实用的作图.
参考小洁的微信文《R数据科学--详解ggplot2》还有原著《R for Data Science

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