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能够利用通量平衡分析和进化算法进行微生物菌种模拟。

建立基于约束的模型需要两个层次的代谢信息。

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M通常被定义为反应物。因此，当通量为正时，代谢物M是系统的输出，而当通量为负时，代谢物M是系统的输入。
在图中，一个小的网络被表示为(a)由在基于约束的模型中常用的各种组件组成，如代谢物、基因、反应和排水。相应的稳态系统(b)、反应边界(c)和基因蛋白规则(d)被显示出来。
首先，需要用代谢化学计量法来记录在一个感兴趣的代谢网络中发生的所有化学反应。第二项是对代谢系统的需求信息。这些需求包括非生长相关的维持需求、生物量合成和营养输入。