1. 自学生信搜索方式

微信搜索，谷歌，知乎，CSDN

2. linux的用法

2.1 Linux的基础语法

• 1 cd: 使用 cd 命令可以切换目录。
  在 Linux 里面使用 . 表示当前目录，.. 表示上一级目录， - 表示上一次所在目录，～ 通常表示当前用户的 home 目录。使用 pwd 命令可以获取当前所在路径（绝对路径）。绝对路径，起点为根目录:/home/1/2/3; 相对路径，起点为当前目录，cd ~/home/1/2/3。
• 2 mkdir（make directories）,-p可以一连串建立文档
  mkdir -p father/son/grandson
  touch 只能建一个文档
• 3 cp（copy）命令复制一个文件到指定目录。 -r 或者 -R 参数,株连九族的意思
  cp a b意思是把a复制到b文件夹中，cp -r a/c/d b把a/c/d一连串复制到b文件中
• 4 rm（remove files or directories）, -f 参数强制删除,-r 或 -R 参数：株连九族”的意思
• 5 mv（move or rename files）命令移动文件（剪切）。 mv file1 myfile 将文件“ file1 ”重命名为“ myfile ， rename 命令可以批量重命名
• 6 cat，tac 和 nl 命令查看文件， cat 为正序显示，可以加上 -n 参数显示行号，tac 为倒序显示。
• 7 more passwd，使用 more 命令打开 passwd 文件，q 退出
• 8 tail /etc/passwd
  tail -n 1 /etc/passwd：直接的只看一行， 加上 -n 参数，后面紧跟行数
• 9 file 命令查看文件的类型
• 10 vim practice_1.txt，打开存在或者不存在的文件，vim启动进入普通模式，普通模式中按i（插入）或a（附加）键都可以进入插入模式，处于插入模式或命令行模式时只需要按Esc进入普通模式。普通模式中按shift+:进入命令行模式。命令行模式中输入：wq！回车后保存并退出vim，输入:w 文件名可以将文档另存为其他文件名或存到其它路径下。
  （现在只知道这些以后继续更新）

2.2 linux在RNA-seq中

1 将raw data进行下载，上传到linux服务器中

2 用Trimmomatic进行去接头

for i in `cat name`;do java -jar ~/softwares/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar PE -threads 10 -phred33 ../raw_data/${i}/${i}_1.fq.gz ../raw_data/${i}/${i}_2.fq.gz -baseout ${i}.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:6 TRAILING:28 SLIDINGWINDOW:4:28 MINLEN:50  >> trimlog 2>&1;done

• 可以利用for循环，
• ~/softwares/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar软件位置
• PE双端测序两个输入文件
• -threads 10线程,不用管，可以没有
• -phred33格式，不用管，v0.32版本后的软件自动会识别
  -../raw_data/${i}/${i}_1.fq.gz指的是一个方向的数据
  -../raw_data/${i}/${i}_2.fq.gz指的是另一个方向的数据
• ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:6 TRAILING:28 SLIDINGWINDOW:4:28 MINLEN:50指的是 运行算法
  --baseout 参数指定输出文件的 basename，软件会自动为四个输出文件命名。
• -trimlog 参数指定了过滤日志文件名

3 fastqc去接头

fastqc input_R1_paired.fastq.gz

• -o，结果输出路径,必须建好不会自动生成
• -t，程序运行时的线程数，不要太高4差不多了
  后期继续更新

3. R语言（主要用来进行数据的可视化）

暂时还不太清楚，以后更新

4. 总结

总结.png

更新中。。。