MISA+Primer3设计SSR引物（五）拆分primer3输

前言

MISA+Primer3 流程中primer3设计引物在开启热力学计算后绝对是限速步骤，这里把primer3输入文件*.p3in 文件分割，将每个文件分别用primer3 设计引物，节省你的时间。

其实这个脚本完全可以接上primer3 程序，设计引物后再合并结果文件（其中注释中的一些线程和threads写法就是为了这个想法做的准备），但是，我不想写了。累了！╯︿╰

小骆驼读了个差不多，然后根据需要再查命令写的，难看是难看了点，但还能用。

使用说明

perl p3in_split_while.pl -i Carya.fasta.p3in -t 5

• p3in_split_while.pl 中while 是指用while写的，打算回头用数组和for重写个版本，这里加个while区别下。
• -i ：输入文件，即p3_in.pl 的结果文件，primer3 的输入文件。

我测试时用的Carya.fasta 编号NC_046572.1，所以输入文件应该是Carya.fasta.p3in

• -t：最终要分割的文件数量，默认为5。不需要担心模块数不够被5整除，这我在脚本里已经考虑过了。

• 结果文件存放在文件夹tmp.Carya.fasta 内。

文件名称为

Carya.fasta.1.p3in
Carya.fasta.2.p3in
Carya.fasta.3.p3in
Carya.fasta.4.p3in
Carya.fasta.5.p3in

结果文件夹会根据输入文件名称自动修改，防止多文件操作时的混乱。

脚本还可以改进的地方

• while计数有点矬，可以将文件读入数组，尝试用上下文获取计数，可能会更快点。相应的下面遍历改为for或者foreach。可见参考文件：Perl按行分割文件 链接内容。
• 整合primer3 程序及结果。
• 占用过大硬盘空间。当p3in 文件过大时，硬盘负荷过大，但是每次取出一定数量的文件内容拆分，重定向出多个文件，对我来说暂时还没必要。主要还是perl不够熟练，也一下子写不出来。
• 命名可能有些乱，我自己都差点不知道谁是谁。(^_)
• 变量定义位置随用随写的，也是有点乱。需要找个好的模板借鉴下。
• 脚本中有很多命令的注释未删掉，这是我的思考过程，以便之后回忆思路。

脚本

点击链接获取

MISA+Primer3设计SSR引物（五）拆分primer3输入文件，以便利用多个线程节省时间

小结

收获不少，回头把知识点分开水写几个推文。

参考

perl 取整、四舍五入、向上取整、向下取整 https://blog.csdn.net/u011729865/article/details/52669460

Perl按行分割文件 https://blog.csdn.net/weixin_30565327/article/details/97184054

生信人值得拥有的编程模板-Perl：perl模板改自公众号“生信宝典”的推文（自行搜索下）。