MultiQC软件的安装运行及对数据质量做出评价
2019-11-20 本文已影响0人
三三_Z
curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
sudo python get-pip.py
image.png
pip install multiqc
image.png
检查是否正常安装
multiqc
image.png
在NCBI中寻找两条序列
利用prefetch下载此序列
prefetch SRR5987926
prefetch SRR5987998
image.png
转为fastqc的格式
cd ~/ncbi/public/sra
fastq-dump --split-files SRR5987926.sra
fastq-dump --gzip --split-files SRR5987926.sra
fastq-dump --split-files SRR5987998.sra
fastq-dump --gzip --split-files SRR5987998.sra
image.png
image.png
用fastqc分析
fastqc SRR5987926_1.fastq.gz SRR5987926_2.fastq.gz SRR5987998_1.fastq.gz SRR5987998_2.fastq.gz
image.png
使用multiqc
multiqc.
image.png
查看结果
22222222222222222.png
