如何将核酸序列转化为蛋白氨基酸序列（web tools篇）
在我们的工作中，常常会有将一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻译成氨基酸序列的需求。如果编程基础过硬的话，自己写个代码翻译三联密码子，正义链和反义链各三个移码阅读框。但是我们更多的时候，这种小的需求，根本不需要去写个脚本来解决，有很多在线的工具能够帮我们做到这一点。在这里举例说明。
Tool 1: expasy翻译组件
Expasy是一个包含很多工具的web tools集合，但我们这次用到的只是他的其中一个功能，即核酸序列翻译功能。点开网页https://web.expasy.org/translate/， 界面如下：
expasy translate功能界面
右边可以选择输出文件的格式，以及从哪个链上寻找翻译框，在不知道蛋白编码方向的情况下，最好是全部选上。以水稻条纹病毒（RSV）的某个分离物的CP的基因序列为例（NCBI accession number: AY286101.1)。
当我们将序列粘贴到框里之后，点击translate按钮，就会得到如下输出：
AY286101.1序列翻译结果
会输出6个移码阅读框，然后结果就是3'-5'翻译的那一条结果。
expasy可视化信息相对直接，但是它有一个坏处，即不支持批量提交。如果我们有成百上千条序列，expasy的功能就显得比较不够用了。接下来我们介绍另外一个支持多条序列同时翻译的工具。
Too2 1: emboss下的transeq
EMBOSS是由EBI开发的一个工具，既有本地版，也有在线版。
点开https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/， 会看到如下界面：
EMBOSS transeq输入界面
可以直接粘贴或者上传符合EMBOSS transeq支持的文件格式，EMBOSS支持的格式可以参考emboss支持格式链接，常见的raw sequence或者fasta格式的文件肯定格式可以支持的。
可以选择All six frame, 也可以选择某一条链的某一起始位点的移码框，也可以选择codon table, 然后点击submit。任务就会被提交到后台上，亲测速度还是非常快的。
最后输出结果如下：
EMBOSS输出结果如下
最后对每个序列都是输出6个fasta， 对应6种编码框，然后可以将结果下载下来之后，移除错误的编码序列。将保留下来的序列去做进化分析或者其他后续处理。
后记：工具很多，选择自己习惯的就好。
Done.
