奶牛的基因组选配

参考文献：Mating allocations in Nordic Red Dairy Cattle using genomic information.（Bengtsson et al., 2021）

背景：
在这项研究中，作者使用基因组信息比较了北欧红奶牛的交配分配。
使用线性规划来优化每个畜群内的不同经济评分，同时考虑遗传水平、精液成本、隐性遗传缺陷的经济影响和遗传关系。

数据：
选择了 2019 年出生在丹麦、芬兰或瑞典的 9,841 名基因型雌性进行交配分配。

方法：
使用了 2 个不同的谱系关系系数，第一个从潜在交配的父母追溯了 3 代的谱系，第二个基于所有可用的谱系信息。使用了 3 个不同的基因组关系系数，1 个 SNP-by-SNP 基因组关系和 2 个基于共享基因组片段的关系。

结果：
发现谱系和基因组关系测量之间存在高相关性（≥0.83）。
交配结果表明，可以在对遗传水平影响最小的情况下减少父母之间的不同遗传关系。包括已知隐性遗传缺陷的成本消除了遗传缺陷的表达。可以通过系谱测量减少父母之间的基因组关系，但最好通过基因组测量来完成。
线性规划在几秒钟内最大限度地提高了所有研究牛群的经济得分，这意味着它适合在顾问和农民使用的交配软件中实施。