Anaconda 使用指南之最详细版

2019-02-26 本文已影响65人 JeremyL

1. Anaconda 与 Conda 是什么？

1.1 什么是 Anaconda

Anaconda 是一个用于python/R科学计算和机器学习的开源工具(也称为Python的一种发行版)，支持 Linux, macOS, Windows, 包含了conda等众多工具包及其依赖项，提供了包管理与环境管理的功能，可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。到目前为止，它在全世界拥有超过1100万用户。

讲到Anaconda，就不得不提到Miniconda 。

1.2 什么是 Miniconda

相较于Anaconda会预安装众多的软件包，Miniconda就是一个迷你 Anaconda，只是预安装conda、Python及其依赖；
用户在使用过程中根据自己的需求再使用conda安装软件包或创建各种环境;
对于内存有限，或者觉得Anaconda预安装过于冗余的童鞋可以选择Miniconda.

1.3 什么是 conda

Package, dependency and environment management for any language—Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN*

conda是一种开源的包和环境管理系统。

适用语言：Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN*
适用平台：Windows, macOS, Linux

包管理

作为包管理工具，conda将所有的工具和第三方程序都当作包来管理；
conda 可以快速安装，运行和更新包及其相关的依赖关系。

环境管理

conda也是一个环境管理工具，可以创建多个虚拟环境，并基于工作目的在切换环境使用不同版本的工具包。例如，电脑上除了默认版本的Python，还可以创建其他各种版本python封闭环境，并在这些python版本之间进行快速切换。

讲到到Python包管理器，就不得不提到 pip。 pip是标准Python发行版自带的包管理工具，用于查找、下载、安装、卸载安装包。

conda VS pip

pip

pip是标准Python发行版的包管理器，只能用于Python；
pip安装包时并不会自动安装相关的依赖关系；

conda

conda 安装包时会自动安装相关的依赖关系;
conda 适用于Python, R等多种语言，可以安装python包以外的其他软件；
conda 可以创建和管理虚拟环境；

1.4 Anaconda 的优点

Anaconda-Open-Source-Projects

快速下载和安装1500 + Python/R 数据科学包
使用Conda 管理库、依赖项和环境
使用scikit-learn、TensorFlow和Theano开发和训练机器学习和深度学习模型
使用Dask、NumPy、panda和Numba分析数据
使用Matplotlib、Bokeh、Datashader和Holoviews可视化结果

2. Anaconda 安装

安装条件

操作系统： Windows >= 7.0, 64-bit macOS 10.10+, Linux( Ubuntu, RedHat, CentOS 6+)
磁盘大小：>5 GB

从Anaconda官网下载Anaconda ，下载Python 3.7 version ；

这个有两种安装模式：
64-Bit Graphical Installer (634 MB)
64-Bit Command-Line Installer (544 MB)

2.1 基于macOS GUI方式安装

在Anaconda Distribution页面下载安装包：Anaconda3-5.3.1-MacOSX-x86_64.pkg
安装：直接双击；

Anaconda Installation

接下来，一步步Continue;
最终出现如下界面，就表示安装成功了。

anaconda installation

2.2 基于macOS的命令操作方式安装

在Anaconda Distribution页面下载安装包： Anaconda3-5.3.1-MacOSX-x86_64.sh

bash ~/Downloads/Anaconda3-5.3.1-MacOSX-x86_64.sh

接着出现：Please, press ENTER to continue ；
按下 Enter 键继续: 这一步就是浏览软件许可协议，直接按Enter滑到底，输入yes, 接下来出现：

Anaconda3 will now be installed into this location:
/Users/Username/anaconda3  #anaconda3现在安装路径


  \- Press ENTER to confirm the location #ENTER确认anaconda3就安装到/Users/Username下
  \- Press CTRL-C to abort the installation #中止安装
  \- Or specify a different location below #在后面自己指定安装路径

这儿选择默认安装路径( /home/<user>/.bash_profile)，直接点击Enter；
好了，接下来泡杯茶，等一会儿。。。。。。。。。。。。
安装好了之后，又要推销Microsoft VScode;
我选择no，因为我已经安装过了；

$ source ~/.bash_profile
$ python --version
Python 3.6.7 :: Anaconda, Inc.
$ vi ~/.bash_profile

Anaconda安装好了，打开Anaconda Navigator检查一下；

3. Anaconda Navigator 了解和使用

3.1 Anaconda Navigator

Anaconda Navigator

Anaconda Navigator是 Anaconda 内置的桌面图形用户界面(GUI)，不需要使用命令行就可以启动应用和管理conda包和环境。

Home: 当前环境下的应用程序

在Spyder IDE中运行Python

Spyder IDE

打开Spyder ，展示的是默认界面(通过view -> Panes 调整)：

左边面板是编辑器；
右上方面板可以查看帮助，变量，当前目录文件系统；
右下面板是IPython console: 可以查看运行结果或运行日志；

a.构建一个hello.py程序

print("Hello Anaconda")

b. 运行(F5)，右下角Console查看程序运行状态

在Jupyter Notebook中运行Python

Try in Your Browser. No Installation Needed.

jupyter

启动jupyter notebook

$ jupyter notebook

#New->Python3
print("Hello Anaconda")
#Run or  Cell -> Run Cells

jupyterlab
基于Web 的下一代 Jupyter，集成了更多的功能;

jupyter lab
Qt console
Qt console 作为一个非常轻量级的应用程序，在很大程度上与终端是相似的；但是它也拥有GUI的部分功能, 内联图片，语法高亮......

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.special import jn
import math
x = np.linspace(0,4*math.pi)
for i in range(6):
     plt.plot(x,jn(i,x))

Qt console

Environments: Anaconda 下的环境管理；可以创建，克隆，导入，移除；
Learning: 学习资料
Community : Anaconda 社区
Document : Anaconda 教程
Developer Blog : Anaconda 开发者博客

4. conda 使用

4.1 管理 conda

conda 版本查看

$ conda --version
conda 4.5.12

conda 版本更新

$ conda update conda

4.2 conda 管理环境

查看已安装的环境

conda env list   #conda info --envs

创建一个名为python36的环境，并安装Python 3.6和pandas

conda create --name python36 python=3.6 pandas

激活某个环境

conda 4.6以后版本
Windows: conda activate python36
Linux and macOS: conda activate python36

conda 4.6以前版本
Windows: activate python36
Linux and macOS: source activate python36

退出当前环境

conda deactivate

返回默认环境

conda activate

分享环境：将当前环境信息生成YAML文件

conda env export > environment.yaml

YAML文件格式：

name: stats2
channels:
  - javascript
dependencies:
  - python=3.4   # or 2.7
  - bokeh=0.9.2
  - numpy=1.9.*
  - nodejs=0.10.*
  - flask
  - pip:
    - Flask-Testing

利用YAML文件生成环境

conda env create -f environment.yaml

4.3 conda 管理Python

创建一个包含Python 2.7的环境

conda create --name python27 python=2.7
conda activate python27
python -V
Python 2.7.15 :: Anaconda, Inc.

克隆环境python27: 可以使用此方法为环境重新命名

conda create --name myclone --clone python27

删除一个已有的环境及其安装包

conda remove --name myenv --all

4.4 conda 管理包

查看当前环境已经安装的包

    conda list

查看指定环境中的安装包

    conda list -n python27

在Anaconda 库中搜索包

    conda search numpy  #模糊搜索
    conda search numpy=1.12
    conda search numpy[subdir=linux-64] #指定系统
    conda search --override-channels --channel http://conda.anaconda.org/mutirri iminuit  #指定仓库安装包

安装包到当前环境

    conda install numpy

安装包到指定环境

    conda install -n python27 numpy

同时安装多个包到当前环境

    conda install numpy scipy

安装指定版本包到指定环境

    conda install -n python27 scipy=0.15.0

安装包更新

    conda update numpy

移除安装包

    conda remove -n python27 scipy

4.5 Anaconda channels管理

Channels are the path that conda takes to look for packages.

conda 安装包时，首先在一系列仓库搜索包，然后根据规则进行优先级排序(默认)：

根据channel priority排序；
根据version number排序；
根据build number排序；
选取优先级最高的包进行安装；

安装所有channel中最新版本, 如下设置

    conda config --set channel_priority false

包安装规则顺序改为：

根据version number排序；
根据channel priority排序；
根据build number排序；
选取优先级最高的包进行安装；

查看已有的 channels

    conda config --get channels

添加 channels

    conda config --add channels

添加新的channel到最高优先级

    conda config --add channels new_channel

添加新的channel到最低优先级

    conda config --append channels new_channel

Anaconda 三方源

Conda-forge 包含许多默认channel中不存的packages；
Bioconda 是一个生物信息Channel, 提供超过6000个生物信息分析安装包供conda使用。

    conda config --add channels bioconda
    conda config --add channels conda-forge

使用国内Anaconda 仓库的镜像可以使conda加速安装工具。
添加清华大学Anaconda 镜像

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    # Conda Forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
    # bioconda
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

移除channel

    conda config --remove channels channelName

参考：
Installing Anaconda Distribution on macOS
Anaconda Navigator
Navigator Cheat Sheet
Conda
conda cheat sheet
清华大学开源软件镜像站-Anaconda 镜像使用帮助